日本高等教育学会成立于 1997 年。学会力图通过汇集跨学科领域的各类研究者，促进学者之间的交流，深化高等教育理论与方法研究的基础，为研究的不断推进做出贡献。同时，通过广泛传播研究成果，从而为解决社会实际问题与政策问题做出贡献。

1998年5月，第1届学术年会在广岛大学举行。同年6月，学会会刊《高等教育研究》创刊号出版。多年来，本学会得到了来自各大学的教师、行政人员、研究者以及各界专家积极参与。